Kaart Bataafse Republiek rond 1800, in bewaring bij het RHC Vecht en Venen
Met de komst van de Bataafse Republiek veranderde er net als in de rest van Nederland veel voor Weesp, maar er bleef op lokaal niveau ook veel bij het oude. Het stadsbestuur legde weliswaar de taken neer, maar de nieuwe bestuurders van Comité Révolutionair kwamen wederom uit de bestaande regentenelite van de stad, zoals Barend Peelen en Gerrit Reinink.
De Republiek werd onderverdeeld in 126 kiesdistricten. Weesp viel aanvankelijk onder het district Vecht en Zee, onderdeel van het Departement Holland. Tot het disctrict Vecht en Zee behoorden naast Weesp Weesperkarspel, Bijlmermeer, Muiden, Muiderberg, Naarden, Naardermeer, Bussum, Hilversum, Blaricum, Laren, Huizen, ’s-Graveland en Buitenhuizen. Weesp was hiervan de hoofdplaats. Met de staatsregeling van 1798 werd Weesp bij het Departement van de Amstel gevoegd, waarvan Amsterdam de hoofdplaats was. De afgebeelde kaart stamt uit deze periode. Te zien is hoe Weesp nét binnen het Departement van de Amstel valt, waar de gebieden ten oosten en zuiden van de stad bij het Departement van Texel zijn gevoegd. De nieuwe naamgeving van de bestuurlijke entiteiten had alles te maken met de revolutionaire neiging alles uit de tijd van het ancien regime overboord te gooien. De namen van de voormalige provinciën werden dan ook in de ban gedaan en naar Frans voorbeeld werden geografische en landschappelijke benamingen voor de departementen gebruikt. De namen van de rivieren waren hierbij populair, zo ontstonden onder andere de Departementen van de Delf (nu bekend als de Schie), de Dommel, de Eems en natuurlijk dat van de Amstel dat hierboven al genoemd is.
Detail van kaart Bataafse Republiek rond 1800 met daarop Weesp in het Departement van de Amstel
Ook in de navolgende jaren tussen 1800 en 1811 volgden de verschillende indelingen in Departementen elkaar met regelmaat op. Weesp viel na indeling bij het Departement van de Amstel achtereenvolgens wederom onder het Departement Holland en daarna onder het Departement van de Zuiderzee. In het lokale bestuur in Weesp genoten de gematigde Moderaten de meeste populariteit. Zij bezetten in de landelijke Nationale Vergadering een middenpositie tussen aan de ene kant de Unitarissen die een krachtige eenheidsstaat wensten, en aan de andere kant de Federalisten die zoveel mogelijk de macht van de voormalige provincies in stand wilde houden. Begin 1798 slaagde een staatsgreep van de Unitarissen, die gevolgd werd door grootschalige bestuurszuiveringen op lokaal niveau. Ook in Weesp moesten de gematigde bestuurders het ontgelden en werden veel niet radicaal genoeg geachte Weespers van de kieslijsten geschrapt. Onder andere Barend Peelen, Gerrit Dorland, Gerrit de Wilde en Hendrik van der Horst verdwenen op deze manier van het politieke toneel.
Portret van Barent (ook wel Barend) Peelen
Toen in juni 1798 een nieuwe coup plaatsvond, was de weg vrij voor een hernieuwde inbreng van de gematigde Weesper bestuurders. Barend Peelen en de zijnen keerden daarmee weer terug in het openbaar bestuur. Deze coup werd door de Fransen gesteund, aangezien zij ook niet zaten te wachten op een voortdurende en steeds verder radicaliserende revolutie in haar zusterrepubliek. Een dergelijke situatie zou de stabiliteit die nodig was voor de oorlogsinspanningen niet ten goede komen. Door de voortdurend groter wordende vraag van Napoleon naar grondstoffen, geld en manschappen en zijn groeiende ontevredenheid over de Nederlandse bijdragen hierin, stelde hij in 1806 zijn broer Lodewijk aan als koning van Holland. Hiermee komt de periode van de Bataafse Republiek, ook in Weesp, ten einde.
